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學制與入學管道
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海運暨管理學院
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航運管理學系博士班★★★ 
輪機工程學系博士班★★★ 
 
生命科學院
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食品科學系博士班★★★★
水產養殖學系博士班★★★★
海洋生物研究所博士班★★★ 
生命科學暨生物科技學系博士班★★★ 
海洋生物科技博士學位學程    
 
海洋科學與資源學院
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海洋環境資訊系博士班 ★★ 
環境生物與漁業科學學系博士班 ★★ 
地球科學研究所博士班 ★  
海洋資源與環境變遷博士學位學程 ★★ 
 
工學院
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系統工程暨造船學系博士班★★★ 
河海工程學系博士班★★★ 
機械與機電工程學系博士班 ★  
海洋工程科技博士學位學程    
 
電機資訊學院
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電機工程學系博士班★★★ 
資訊工程學系博士班★★  
光電與材料科技學系博士班★★★ 
 
海洋法律與政策學院
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海洋法律研究所博士班★★  
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