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商船學系碩士班★★★ 
商船學系智慧航運國際碩士班  ★ 
航運管理學系碩士班★★★★
運輸科學系碩士班★★★★
輪機工程學系碩士班★★★ 
 
生命科學院
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食品科學系碩士班★★★★
水產養殖學系碩士班★★★★
海洋生物研究所碩士班★★★★
生命科學暨生物科技學系碩士班★★★ 
食品安全與風險管理研究所★★★ 
 
海洋科學與資源學院
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海洋環境資訊系碩士班★★★ 
環境生物與漁業科學學系碩士班★★★ 
地球科學研究所碩士班★★  
海洋事務與資源管理研究所碩士班★★★ 
海洋環境與生態研究所碩士班★★★ 
 
工學院
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系統工程暨造船學系碩士班★★  
系統工程暨造船學系應用聲學碩士班★★  
河海工程學系碩士班★★★ 
機械與機電工程學系碩士班★★  
 
電機資訊學院
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電機工程學系碩士班★★★ 
資訊工程學系碩士班★★★ 
通訊與導航工程學系碩士班★★★ 
光電與材料科技學系碩士班★★★ 
 
人文社會科學院
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教育研究所碩士班★★★ 
應用經濟研究所碩士班★★★ 
海洋文化研究所碩士班★★  
應用英語研究所碩士班★★★★
 
海洋法律與政策學院
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海洋法律研究所碩士班★★★ 
海洋政策碩士學位學程★★★ 
 
國際學院
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海洋生物科技及環境生態永續國際碩士學位學程  ★ 
應用人工智慧國際碩士學位學程  ★ 
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