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學制
系所
大學部學士後研究所備註
類組學士班進修學士班碩士班博士班碩士在職專班






商船學系    
商船學系學士後多元專長培力課程專班       
航運管理學系  
運輸科學系一、二    
輪機工程學系   
輪機工程學系學士後多元專長培力課程專班       
海洋經營管理學士學位學程(系)     採3+1制度,一年在馬祖校區上課
海洋觀光管理學士學位學程(系)      




食品科學系  
水產養殖學系    
海洋生物研究所      
海洋生物科技學士學位學程(系)     採3+1制度,一年在馬祖校區上課
生命科學暨生物科技學系    
食品安全管理碩士在職學位學程       
海洋生物科技博士學位學程       
食品安全與風險管理研究所       








海洋環境資訊系   
環境生物與漁業科學學系   
地球科學研究所      
海洋事務與資源管理研究所       
海洋環境與生態研究所       
海洋資源與環境變遷博士學位學程       


系統工程暨造船學系    
河海工程學系   
機械與機電工程學系    
海洋工程科技學士學位學程(系)     採3+1制度,一年在馬祖校區上課
海洋工程科技博士學位學程       





電機工程學系   
資訊工程學系   
通訊與導航工程學系     
光電與材料科技學系    






教育研究所/師資培育中心      
應用經濟研究所       
海洋文化研究所       
應用英語研究所       
海洋文創設計產業學位學程(系)      








海洋法律研究所     
海洋法政學士學位學程(系)      
海洋政策碩士學位學程       
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