研究方向涵蓋養殖生態系統管理及工程，水族生理、生化、分子生物、生殖內分泌、遺傳育種及抗病基因，營養與飼料學，水族病理、微生物，水生植物學及水產養殖經濟及管理等，並加強應用生物科技於水產養殖相關主題上。持續強化『水產品產銷履歷驗證暨檢驗中心』功能，以確保國內水產品之衛生案全並提升國際貿易競爭力，冀望本系發展成為國際上全方位的水產養殖教育、研究、推廣中心。

以理論與實務並重為特色，課程領域可分為養殖與環境、水產生物、營養飼料、病理與免疫、管理與系統分析及分子生物技術等六大專業學門。設立『水生物動實驗中心』進行各項水產生物繁、養殖技術教學，提昇學生應變能力及專業技能。開設『國際水產科學暨資源管理碩博士班』及『國際水產養殖科技產業研發外國學生碩士專班』，招收外籍博、碩士生，提昇本學系學生外文能力及國際觀。